玄米を2日間浸した場合、（炊き上がった後でも）食べても大丈夫でしょうか？

常温で2時間以上放置しても安全ではありません。棚から出しても大丈夫な食品は、必要なバクテリアの増殖因子を取り除いたものです。一度水を戻してしまうと、それを腐敗から守っている正確な状況を取り除いてしまうのです。それは確かに安全ではありません。

その上、「炊いた後」は問題ではありません、安全ではない食品を安全なものに戻すことはできません。

う〜ん、そうだな、米を２日間浸したことがあるんだが、それは３〜５％の塩水溶液と密閉容器（ゴムパッキン）に入れたものだった。あなたの場合は、善玉の微生物（乳酸菌だろう）が勝ったのか、それともお米が腐っただけなのか、見当もつかない。